Program Studi Magister Biologi Pascasarjana UNDIP berdiri Pada Tahun 2009 dengan SK DIKTI No. 818/D/T/2009 tanggal 27 Mei 2009 yang memiliki spesifikasi mampu menerapkan dan mengimplementasikan pemanfaatan sumber daya alam hayati yang mendukung pengembangan industri berwawasan lingkungan dalam lingkup optimasi, diversifikasi dan konservasi, tidak hanya kemampuan teoritis, akan tetapi juga memiliki kemampuan teknis mengaplikasikan konsep biologis.
Spesifikasi Program Studi Magister Biologi dilandasi pada Agenda Riset Nasional, yang memuat pentingnya penguatan sains dasar dalam 6 prioritas pengembangan yaitu ketahanan pangan, energi baru/terbarukan, teknologi dan manajemen transportasi, teknologi pertahanan dan keamanan serta teknologi kesehatan dan obat-obatan. Ke-enam prioritas tadi perlu dikembangkan untuk penguatan dimensi sosial dan kemanusiaan demi tercapainya tujuan pembangunan IPTEK. Berlatar belakang hal tersebut di atas, maka Program Studi Magister Biologi UNDIP mempunyai spesifikasi bidang biologi aplikasi.
Pengembangan Program Studi Magister (S2) Biologi UNDIP juga selaras dan mendukung tercapainya Visi Indonesia 2030 yaitu pada tahun 2030 menjadi negara maju nomor 5 di dunia setelah China, India, USA dan Uni Eropa. Visi ini memang berbasis ekonomi dan sangat visible apabila kondisi sosial, politik dan budaya mendukung, karena 5 alasan potensi, yaitu : Jumlah penduduk yang besar, Letak geografis di centre of growth, Lalu lintas antara dua samudra dan dua benua sehingga menerima dampak kemajuan dari negara-negara sekitar, penduduk yang bisa menerima produk baru, dan Sumber daya alam tropis terestrial maupun akuatik. Keunikan biological resource inilah yang merupakan keunggulan yang dimiliki Indonesia. Pemanfaatan sumber daya alam hayati membutuhkan dukungan Biologi, sehingga eksplorasi dalam rangka diversifikasi dan optimasi prosesnya tetap dalam koridor kelestarian lingkungan, sehingga sasaran MDGs-pun dapat tercapai.
